Als Dijkgraaf waakt Bonjer over 800 kilometer aan dijken in een gebied met 1 miljoen inwoners dat zich uitstrekt van Rotterdam tot de Zuid-Hollandse eilanden. Het waterschap beschermt tegen hoog water, en zorgt tegenwoordig ook steeds vaker voor voldoende water bij droogte. Het is zaak schoon (oppervlakte)water te kunnen blijven leveren voor drinkwaterbedrijven. De opdracht voor het waterschap komt erop neer dat het met andere partijen de waterkringloop moeten zien te sluiten.
Tijdens veel voorkomende werkzaamheden is er speciale aandacht voor de bescherming van de natuur en biodiversiteit. Voordat er gewerkt wordt, wordt onderzoek gedaan naar planten en dieren, zodat passende maatregelen kunnen worden genomen.
Bonjer is zelf een man van de natuur. In de jaren ’90 was hij directeur van Vogelbescherming Nederland en daarna hoofd communicatie van de Vereniging Natuurmonumenten. Toen had hij er al een carrière als (wetenschaps)journalist op zitten, onder meer bij Nieuwe Revu en NRC, waar hij doorgroeide tot chef nieuwsdienst. Later werd hij hoofdredacteur van het AD en het FD. Bonjer bekleedt een aantal nevenfuncties. Zo is hij voorzitter van de Raad van Toezicht van de MBO-instelling Hout- en Meubileringscollege in Rotterdam, en lid van de Adviesraad Autoriteit Nucleaire Veiligheid en Stralingsbescherming. Ook is Bonjer jurylid van Changemaker van de Week.
